分子力学采用经典力学来模拟分子体系。分子力学中，使用分子力场方法计算出所有系统的势能的值。分子力学可用于研究小分子的情况，也可用于研究具有成千乃至上百万原子数的大型生物系统或材料。

全原子分子力学方法具有以下性质：

这个方法有几个可能的变体。例如，许多模拟方法曾使用“原子团”模型（此模型将一个甲基基团或亚甲基单元视为单个粒子），而大型蛋白系统则通常使用“珠”模型（此模型将一个氨基酸视为二至四个粒子）进行模拟。

Molecular mechanics uses classical mechanics to model molecular systems. The potential energy of all systems in molecular mechanics is calculated using force fields. Molecular mechanics can be used to study small molecules as well as large biological systems or material assemblies with many thousands to millions of atoms.