17～18世纪，这类假说与理论采取了更为明确的形式，有过机械论、先成论与后成论的对立观点。 19世纪，进化论与神创论的斗争震撼了整个学术界。 20世纪初期，又有新活力论和机械论和反还原论的争论，这些争论有的目前仍在继续。 20世纪40年代以来，随着生物学的发展，人们对生物学哲学问题的兴趣有了明显的增强。

生物哲学是科学哲学的一类，其中涉及到认识论、形而上学和伦理问题。虽然大部分科学哲学家和哲学家一直对生物学感兴趣（例如亚里士多德、笛卡尔，甚至康德），生物学哲学在20世纪的60和70年代时才成为了一个独立的哲学领域。之后，科学哲学家开始更加重视生物学，从新达尔文主义在20世纪30和40年代的兴起到1953年脱氧核糖核酸结构的发现，加上基因工程的最新进展。把所有的生命过程缩减成生化反应，和把心理学纳入更广泛的神经科学的想法也属于生物哲学的领域里。

The philosophy of biology is a subfield of philosophy of science, which deals with epistemological, metaphysical, and ethical issues in the biological and biomedical sciences. Although philosophers of science and philosophers generally have long been interested in biology (e.g., Aristotle, Descartes, and even Kant), philosophy of biology only emerged as an independent field of philosophy in the 1960s and 1970s. Philosophers of science then began paying increasing attention to biology, from the rise of Neodarwinism in the 1930s and 1940s to the discovery of the structure of DNA in 1953 to more recent advances in genetic engineering. Other key ideas include the reduction of all life processes to biochemical reactions, and the incorporation of psychology into a broader neuroscience.