孢子囊是植物或真菌制造并容纳孢子的组织。孢子囊会出现在被子植物门、裸子植物门、蕨类植物门、蕨类相关、苔藓植物、藻类和真菌等生物上头。

小孢子囊是花朵雄蕊上被称做花药，以及雄毬果小孢子叶上产生花粉的部份。

大孢子囊是此类植物相对的「雌性」部份，分别为花朵的心皮及大孢子囊毬果。

在蕨类植物上，成熟的植物是孢子体，并会在所以或只有某些叶子（称之为孢子叶）上产生带有有性孢子的孢子囊。这此孢子会在叶子的下端。

在苔藓上，其孢子囊则是长在细茎上，并如蕨类植物一般会产生有性孢子。此一孢子体（双倍体）的孢子囊是从卵受精后的配子体（单倍体）颈卵器长成出来的。孢子囊起初会有一些叶绿素，但之后便会转变为棕色，并改由依靠配子体提供其养分。孢子囊会从茎部基部，依附着颈卵器组织的地方吸收养分。

A sporangium (pl., sporangia) (modern Latin, from Greek σπόρος (sporos) ‘spore’ + αγγείον (angeion) ‘vessel’) is an enclosure in which spores are formed. It can be composed of a single cell or can be multicellular. All plants, fungi, and many other lineages form sporangia at some point in their life cycle. Sporangia can produce spores by mitosis, but in nearly all land plants and many fungi, sporangia are the site of meiosis and produce genetically distinct haploid spores.