原噬菌体（英语：prophage）为一种原病毒基因，可被插入或是聚集在环状病毒DNA染色体中，或是以染色体外的质体形式存在。这是一种潜在的细菌型态，在细菌中病毒以此种形态存在，但不会瓦解细菌细胞。

在侦测宿主细胞的损伤时，可利用UV光或是一些化学方法，将噬菌体从细菌染色体中切出，而此过程称为prophage induction。

切出之后，病毒透过Lysogenic Cycle开始复制。在此裂解循环中，病毒霸占了细胞的生殖位。细胞内会富含病毒，直到细胞裂解或是细胞会一次在胞吞作用时发布新的病毒。从被感染至细胞裂解的中间过程，称为潜伏期。有裂解循环的病毒，称作virulent virus（剧毒病毒）。原噬菌体为重要的水平基因转换因子，也被认为是可动遗传因子的一部分。所有病毒细菌都有一环状DNA基因（单环或双环）或是透过一环状中间物来进行复制，例如Caudovirales有尾噬菌体目。

A prophage is a bacteriophage (often shortened to "phage") genome inserted and integrated into the circular bacterial DNA chromosome or existing as an extrachromosomal plasmid. This is a latent form of a phage, in which the viral genes are present in the bacterium without causing disruption of the bacterial cell.