巴基鲸科（Pakicetidae）是已灭绝的哺乳动物，鲸目中最早的成员。现今鲸目的成员，如鲸鱼及海豚都是水中生活的动物，巴基鲸科却是生活在陆地上的。由于牠们的化石都是在近海边发现，估计牠们会有部份时间在水中生活。

已知的巴基鲸科包括像狼的巴基鲸、Nalacetus及像狐狸的鱼中兽。巴基鲸最初是由菲利浦·金格里奇（Philip Gingerich）等人于1983年发现，其下的三个物种都是在巴基斯坦发现，故得此名。这个区域相信于5300万年前巴基鲸仍然生存时是特提斯海的海岸。

巴基鲸科是肉食性的陆上动物，估计是现今鲸鱼的祖先。牠们的耳骨位置、中耳的折叠情况及臼齿上小齿的排列，都是与现今鲸鱼相似及所独有的。就现今的鲸鱼演化历史，一般接受是由巴基鲸科演化成两栖的陆行鲸科，进而成为龙王鲸科及其后的鲸鱼。

Pakicetidae ("Pakistani whales") is an extinct family of early whales that lived during the Early Eocene on the shores of Pakistan.