核苷酸多样性（nucleotide diversity）系分子遗传学（分子生物学）中的一个概念。该概念用于表征某一种群中多态性的强弱。

Nei和Li在1979年引入了一种计算核苷酸多样性的方法：在从某一种群中取得的多个样品DNA上随机取一段串行，将在这些串行上的同一位点碱基的不同取平均值，即可得核苷酸多样性的值。他们将这个值记为「π」。

这种方法用数学公式表示如下：

x_i 、x_j分别代表第i个和第j个串行的对应频率。π_ij则为两个串行之间不同位点所占百分比。n则为总样本数。

核苷酸多样性是遗传变异（genetic variation）的一个量化值。核苷酸多样性通常与其他衡量种群多样性的数值有联系，同时也和期望杂合度（expected heterozygosity）有联系。核苷酸多样性通常用于衡量种群内或种群间的多样性，或作物与相关物种间的遗传变异。另外，核苷酸多样性还可以用于推算进化关系。

Nucleotide diversity is a concept in molecular genetics which is used to measure the degree of polymorphism within a population.

One commonly used measure of nucleotide diversity was first introduced by Nei and Li in 1979. This measure is defined as the average number of nucleotide differences per site between any two DNA sequences chosen randomly from the sample population, and is denoted by π.