在物理和化学及相关领域，主方程序（Master equation）用来描述可以仿真成完全相同的可数一个是系统的时间演化状态在任何给定的时间，并在状态之间的切换处理概率。该方程是通常的一组微分方程的变动在时间概率，该系统占据每个不同的状态。

在许多物理问题古典，量子力学和其他学科的问题，可以减少到一个主方程序的形式，由此运行该问题有很大的简化（见数学模型）。 所述林德布劳德方程中量子力学是主方程序描述的时间演变的一般化密度矩阵。虽然林德布劳德方程通常被称为一个主方程序，它不是一个在通常意义上的，因为它支配不仅概率的时间演变（密度矩阵的对角元素），而且还含有约信息的变量量子相干系统（非对角线密度矩阵元素）的状态之间。 主方程序的另一种特殊情况是Fokker-Planck方程描述的连续概率分布的时间演化。复杂的主方程序其抵抗分析处理可以转换成这种形式（在各种近似），通过使用近似技术，如系统规模扩展。

In physics and chemistry and related fields, master equations are used to describe the time-evolution of a system that can be modelled as being in exactly one of the states at any given time, and where switching between states is treated probabilistically. The equations are usually a set of differential equations for the variation over time of the probabilities that the system occupies each of the different states.