木星大气层是太阳系内最大的行星大气层，主要由和太阳的比例大致相同的氢分子和氦构成，其他的化学成分，包括甲烷、氨、硫化氢和水只有很少的数量。水被认为存在于大气层的深处，所以被观测到的数值偏低。氧、氮、硫和惰性气体的丰度大约是太阳的三倍。

木星的大气层没有明确的边界，并且逐渐转变成为行星内部的流体。从最低处到最高处，大气的层次为对流层、平流层、增温层和散逸层，各层有各自的温度梯度特征。最底层的对流层有复杂的云雾组成的系统，并且呈现朦胧状，包括数层的氨、硫化氢氨和水。上层的氨云是可见的木星表面，组织成12道平行于赤道的带状云，并且被称为喷射气流的强大带状气流（风）分隔着。这些交替的云气有着不同颜色：暗的云气称为带（belt），而亮的云气称为区（zone）。区的温度比带低，是上升的气流，而带是下降的气体。较浅颜色的区被认为是由氨冰形成的，但形成颜色较深的带的物质则尚未确知。这些带状结构和喷流的起源也还未被了解，不过已存在两种解释的模型。浅滩模型（shallow model）认为它们是覆盖在稳定的内部结构上的表面现象。深层模型（deep model）认为带和喷流是被组织成一定数量的圆柱体，是深入至深层木星地函的氢分子循环显示在木星的表面。

The atmosphere of Jupiter is the largest planetary atmosphere in the Solar System. It is mostly made of molecular hydrogen and helium in roughly solar proportions; other chemical compounds are present only in small amounts and include methane, ammonia, hydrogen sulfide and water. Although water is thought to reside deep in the atmosphere, its directly measured concentration is very low. The nitrogen, sulfur, and noble gas abundances in Jupiter's atmosphere exceed solar values by a factor of about three.